宝宝腹泻的病原可因喂养不当、乳糖不耐受、病毒（主要为人类轮状病毒及其他肠道病毒）、细菌（致病性大肠杆菌、产毒性大肠杆菌、出血性大肠杆菌、侵袭性大肠杆菌以及鼠伤寒沙门氏菌、空肠弯曲菌、耶氏菌、金葡菌等）、寄生虫、真菌等引起。肠道外感染、滥用抗生素所致的肠道菌群紊乱、过敏及气候因素也可致病。是2岁以下婴幼儿的常见病。

乳糖不耐受：乳制品中的糖类主要是乳糖，其消化是靠乳糖消化酵素，缺少这种酵素则无法消化乳糖。有些宝宝乳糖酶缺乏或因为宝宝腹泻，损伤了肠粘膜细胞，导致分泌乳糖酶的能力下降，即平时所说的“继发性乳糖不耐受”。另外，先天性乳糖不耐受是指从婴儿出生即无乳糖酶，无论饮用母乳、牛乳均可导致明显的腹泻。若饮用乳类便可产生腹泻、腹胀等症状，总称为乳糖不耐症。

喂养不当，饮食失调：如母乳不足或人工喂养儿过早过多地以粥类与粉糊喂养，导致碳水化合物过多引起发酵产生消化紊乱；未按时添加辅助食品，于断奶前突然增加食物、改变食物成分，宝宝不能适应而产生消化紊乱发生腹泻；由于不定时喂养，或由于食量过多、过冷影响胃肠道消化功能，从而引起宝宝腹泻。

秋季腹泻：每年10月份到次年2月份是轮状病毒腹泻发病高峰。轮状病毒在干燥、寒冷季节容易爆发。由于6个月-2岁的婴幼儿局部免疫力和肠道消化系统发育未完全成熟，容易感染轮状病毒而发生腹泻。